川乌、草乌在临床上一般用其炮制品配伍应用，以尽量避免出现中毒反应，中毒时对神经系统和循环系统为主，其次是消化系统症状，如口腔灼热、发麻(从指头开始渐及全身)，流涎、恶心、疲倦、呼吸困难，肌肉麻痹，脉膊不规则，血压下降，面色发白，瞳孔散大，可能突然死亡。
临床应用制川乌、制草川乌而发生中毒反应的原因是多方面的。如临床应用时会因配伍、用药量、加工炮制、个体差异等等情况而产生，即有外在原因，也有内在原因。因此，正确认识制川乌、制草川乌中毒反应产生的原因，对在临床上安全使用是非常有益的。
1、配伍
中药中所含成分相当复杂，它们之间既有相互拮抗的，也有相互促进的。因此配伍与临床应用中毒反应有一定关系。在临床上应用制川乌、制草川乌就应有意识的选用一些药物配伍如甘草、生姜、银花等，以减轻其毒副作用。
但如果临床配伍不当，在安全范围剂量内应用亦会因相互作用而产生中毒反应(如白矾与之配伍有增毒作用)。因此，属配伍禁忌的，原则上应避免配伍应用。在《本草经集注》序录中，记载相反药18种，以后的方书中发《太平圣惠方》、《炮炙大法》、《本草纲目》等均有记载，明确指明半夏、恬蒌(天花粉)、川贝母(渐贝母)、白蔹不能与制川乌、制草川乌、附子同用;此外，十九畏亦指出犀牛角不能与制川乌、制草川乌同用，否则可能发生中毒反应。
有试验显示：制川乌、制草川乌与姜半夏的单煎、单煎混合煎剂，以小鼠毒性(死亡)为指标，发现单煎混合煎剂或混合煎剂的死亡率显著高于单煎，证明相反理论有一定根据。因此，临床应用制川乌、制草川乌强调：“其性相反者，各怀酷毒，如两仇相敌，决不与之同友，要利用大毒之药去攻大毒之疾，非有充分把握，切不可大意妄试以杀人。”
2、煎法
制川乌、制草川乌在临床应用时应注意煎法，教科书上有明确规定此两种药应先煎。药理实验证明：乌头长时间煎煮后，乌头碱被水解为乌头原碱，毒性为乌头碱的1/2000-1/4000，且强心作用没有破坏。因此制川乌、制草川乌入煎剂应是先煎30-60分钟，也有人主张先煎3～4小时，使有毒成分充分破坏。临床应用因煎煮时间过短而致中毒者不乏其例，其中毒症出现早，反应强，病情发展快，中毒死亡率非常高。
因此，临床应用应医嘱明确，发药时向病人交代清楚，严守传统煎煮时间及操作方法。曾有报道天津中医学院王士福教授临床用二乌治寒痹，用量各为30克，由于二乌中毒量与有效量非常接近，因此王老临床用二乌治疗寒痹时，配伍生甘草30克，且二乌与生甘草先煎1小时，再下其它药物，使二乌毒性自解，否则有可能容易发生中毒反应。
