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有些人在服药数日有所好转时腹泻又会突然加重，甚至比原来还要严重，换用别的抗菌药也不行，腹泻越来越重。其实，这类患者已经患上一类特殊的感染性腹泻——抗菌药相关性腹泻。
抗菌药相关性腹泻是指应用抗菌药后导致肠道菌群失调引起的医源性腹泻。主要表现为腹痛、腹泻，轻症患者可出现大量水样泻，重症患者可有血便，或大便中有斑片状或条状蛋花样假膜，如不及时停药或治疗，还会出现脱水、电解质失衡、代谢性酸中毒、休克、循环衰竭等。
肠道正常菌群可达500余种，平时肠道菌群之间及宿主之间保持平衡状态，维持身体健康。当患有某种感染性疾病使用抗菌药，或围手术期预防性使用抗菌药时间过长时，可能破坏此平衡，引起肠道菌群失调。其结果是造成肠道屏障功能降低，某些外来细菌或过路菌在肠道定植并大量繁殖，成为优势菌群，从而导致腹泻或肠炎。
抗菌药相关性腹泻可发生于任何年龄段，尤其多见于婴幼儿、老年体弱者或有长期抗菌药用药史者。几乎所有抗菌药都能引起腹泻，其中发生率最高者应属林可霉素、氯林可霉素，约占20%；青霉素类诱发伪膜性肠炎的比例也很高，有报道称口服氨苄青霉素一周，约11%的病人发生腹泻；头孢菌素类引起腹泻也较多见，尤以第二、第三代头孢菌素为甚；四环素类也可导致难辨梭菌性伪膜性肠炎；大环内酯类及磺胺类药物等可诱发难辨梭菌性肠炎。临床数据显示，愈是广谱抗菌药，引起腹泻的几率愈大。
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