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治疗胃肠道菌群失调一般有抗菌药物、广谱抗菌药物、活菌制剂等药物。
调理肠道菌群失调的药通常有抗菌药物，药物的选择一般是停用原来的抗生素，根据菌群分析、抗菌药的敏感实验，选用合理的抗生素，抑制过度繁殖的细菌，从而间接扶植肠道繁殖不足的细菌。一般还可以采用广谱抗菌药物，将肠道细菌部分消灭后再灌入正常的肠道菌群逐渐恢复。再就是活菌制剂，常用的主要有螺杆菌，保加利亚乳杆菌，乳酸乳杆菌，另外还有大肠杆菌，枯草杆菌能够起到活菌作用。另外还可以针对伪膜性肠炎，使用其他药物，如乳酶生等。调节肠道菌群失调还可以采用回春生胶囊，即双歧杆菌活菌制剂，还有菌群促进剂，通常可以口服，或是应用其他药物，如乳酸、半乳糖这些成分。肠道菌群失衡可能会导致患者出现腹痛、呕吐、腹泻、发烧、恶心等症状，可以及时服用药物进行调节。常见的调节肠道菌群的药物有很多，如使用乳酸菌素片、整肠生、金双歧、四联活菌片等药物调节。通常需要明确引发肠道菌群失衡的原因，对症下药，如果是肠胃炎引起的肠道菌群失衡，还要同时口服奥美拉唑、雷贝拉唑等药物。如果是消化不良引起，可以口服吗丁啉、健胃消食片等药物。如果是病菌感染引发，通常可以口服抗生素类的药物，如左氧氟沙星片等。
建议患者少食多餐，不要暴饮暴食，避免吃油腻、辛辣性的食物。可以适量吃一些含膳食纤维比较丰富的饮食，也可吃些含益生元类的食物。
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